Tout d’abord, il est parfois compliqué d’allier programme officiel et programme montessorien, qui sont en certains points incompatibles. Alors qu’à l’école traditionnelle, les enseignants sont détenteurs de savoir et que les enfants en sont demandeurs, la pratique montessorienne veut que l’éducateur observe plus qu’il n’apprend. En effet, Maria Montessori prônait la mise en retrait de l’enseignant, qui regarde l’enfant faire, d’un œil bienveillant et encourageant. L’autonomie de l’enfant est le principal vecteur qui oppose les deux systèmes éducatifs ; d’un côté, la participation active du petit, de l’autre, sa présence passive et soumise à des consignes.Ensuite, le coût que nécessite le système montessorien est l’une des principales raisons de son exclusivité et du caractère d’élite qu’on lui donne aujourd’hui. En effet, le budget est considérable ; l’équipement et l’aménagement des classes ainsi que les formations des enseignants demandent plusieurs milliers d’euros, que les mairies n’ont pas à disposition. En 2015, l’Association Public Montessori (lien) a vu le jour dans le but de récolter assez d’argent pour offrir à certaines écoles publiques le matériel nécessaire.
